Постановление правительства о создании ракетного комплекса Д-3 было принято 20 марта 1958 г. Работа по созданию ракеты Р-15 для этого комплекса была поручена ОКБ-586 в Днепропетровске. Предполагалось, что дальность ракеты будет составлять 1000 км, а старт будет производиться непосредственно из ракетной шахты без выдвижения над ограждением рубки, как это осуществлялось в комплексах Д-1 и Д-2.с В 1955 г. в СКБ-143 (ныне МБМ "Малахит") началось проектирование атомной лодки проекта 639 (главный конструктор В. П. Фуников) водоизмещением 6000 т, которую планировалось вооружить тремя ракетами Р-15. В 1958 г. в ЦКБ-16 разрабатывался проект В-629 дизель-электрической подводной лодки с одной ракетой Р-15. Однако из-за больших габаритов и массы ракеты не удалось спроектировать лодки с удовлетворительными тактико-техническими характеристиками. В декабре 1958 г. работы по созданию комплекса Д-3 и подводных лодок для его размещения была прекращены на стадии технического проектирования.
