Заключительным этапом эксплуатации ракетного вооружения является его утилизация после снятия с вооружения.
При снятии комплекса с вооружения он снимается с боевого дежурства, от него отстыковывается головная часть, которая передается 12-му Главному управлению Министерства обороны для дальнейшего использования или утилизации. Для БРК на жидком топливе производится слив топлива, после чего ракета вместе с транспортно-пусковым контейнером извлекается из пусковой установки и отправляется на соответствующую базу ликвидации. Утилизация ракеты и ее транспортно-пускового контейнера на базе включает в себя нейтрализацию топливных баков ракеты, извлечение из приборных отсеков элементов, содержащих драгоценные металлы. После этого производится детальная разборка и резка корпуса ракет.
Договор СНВ-1 накладывает ряд условий на порядок проведения процедуры ликвидации. Для того чтобы мобильные МБР, их транспортно-пусковые контейнеры и пусковые установки считались ликвидированными, их уничтожение должно быть произведено с соблюдением процедур, предусмотренных протоколом к договору. Договором также установлена процедура ликвидации шахтных пусковых установок. Установленные СНВ-1 правила исключения МБР из зачета не требуют ликвидации самих ракет шахтного базирования и их транспортнопусковых контейнеров.
Ликвидация ракет РТ-23УТТХ и УР-100НУТТХ, дислоцированных на Украине, производится на украинских предприятиях. База для их уничтожения организуется на базе ПО "Южный машиностроительный завод" при финансовой и технической поддержке США.