Ведущей организацией в области разработки систем управления ракет является НИИ автоматики и приборостроения им. Н. А. Пилюгина (НИИАП, г. Москва). НИИАП был выделен в самостоятельную организацию из НИИ-885 Министерства промышленности средств связи, которому при организации ракетной программы отводилась роль головного разработчика систем управления. Выделение произошло в 1963 г., в период когда автономные системы утверждались в качестве основного принципа построения систем управления баллистических ракет.98 В дальнейшем НИИ-885 перестал играть активную роль в создании боевых ракет и сосредоточил свои усилия на вопросах, связанных с управлением космическими носителями и космическими аппаратами. В настоящее время НИИ-885 называется Российским НИИ космического приборостроения (РНИИКП) и находится в ведении Российского космического агентства.
НИИАП разрабатывал системы управления для ракет разработки ОКБ-1, ОКБ-52 и НИИ-1. В числе его последних разработок — системы управления для ракет УР-100 и МР УР-100, ПГРК "Пионер", "Тополь" и "Тополь-М". НИИАП до
1982 г. возглавлял Н. А. Пилюгин. После его смерти Главным конструктором стал В. Л. Лапыгин, возглавлявший институт до 1997 г.
Кроме НИИАП, в 50-х годах при поддержке НИИ-885 были созданы альтернативные центры по разработке систем управления в Харькове и Свердловске. Впоследствии харьковские предприятия (НПО "Хартрон" и ряд заводов) стали основными разработчиками и поставщиками систем управления для ракет, создаваемых в КБ "Южное”. НИИ (впоследствии НПО) автоматики в г. Свердловске (Екатеринбурге), возглавлявшееся Н. А. Семихатовым, стало основным разработчиком систем управления для БРПЛ.100 В связи с распадом СССР и утратой расположенных в Харькове предприятий, НИИАП остался единственным отечественным разработчиком систем управления для боевых баллистических ракет и космических носителей, хотя в будущем Екатеринбургское НПО автоматики может составить ему конкуренцию.