Начало организации ракетной промышленности как специальной отрасли оборонной промышленности было положено постановлением Совета Министров СССР от 13 мая 1946 г. Это постановление установило распределение обязанностей между министерствами оборонного комплекса в части разработки боевой ракетной техники. При реализации этого постановления были созданы или реорганизованы основные предприятия, ответственные за создание ракетной техники и ее ключевых компонентов.
Головным ведомством, ответственным за работы по созданию баллистических и зенитных ракет на жидком топливе, назначалось Министерство вооружений, в годы войны отвечавшее за производство артиллерийских систем. Ответственность за разработку реактивных снарядов с твердотопливными двигателями возлагалась на Министерство сельскохозяйственного машиностроения, а Министерству авиационной промышленности поручалась разработка крылатых ракет ("реактивных самолетов-снарядов").
Министерство авиационной промышленности также назначалось головным по разработке жидкостных ракетных двигателей и аэродинамическим испытаниям. На Министерство электропромышленности (впоследствии реорганизованное в Министерство промышленности средств связи) возлагалась ответственность за наземную и бортовую радиоаппаратуру управления и радиолокационные станции обнаружения и определения координат целей, на Министерство судостроительной промышленности —за аппаратуру гироскопической стабилизации, а также другие системы, связанные с использованием ракетного вооружения на флоте. Министерство химической промышленности определялось основным по жидким топливам, окислителям и катализаторам, Министерство машиностроения и приборостроения — по пусковым установкам, пусковой и другой комплектующей аппаратуре.
В том же постановлении были даны указания о создании в каждом из перечисленных министерств Главных управлений или Управлений по реактивной технике и соответствующих головных научно-исследовательских институтов и конструкторских бюро.
Головной организацией по разработке жидкостных ракет в целом стал Научно-исследовательский институт № 88 (НИИ-88), учрежденный в Министерстве вооружений на базе артиллерийского завода N° 88 в г. Калининград Московской области. Впоследствии от НИИ-88 отделились ОКБ-1 (ныне Ракетно-космическая
корпорация "Энергия" им. С. П. Королева), ОКБ-2 (ныне КБ химического машиностроения им. А. М. Исаева) и ряд других научно-исследовательских организаций.
Головная организация по реактивным снарядам на твердом топливе была создана на основе Государственного центрального конструкторского бюро № 1 Министерства сельскохозяйственного машиностроения (впоследствии НИИ-1 Министерства оборонной промышленности).
Кроме этого, постановление предусматривало создание ряда институтов и конструкторских бюро, которые стали головными организациями, ответственными за разработку различных систем ракетного вооружения.
Головным институтом по разработке систем управления стал НИИ-885 Министерства промышленности средств связи. Впоследствии на основе этого института были созданы Российский НИИ космического приборостроения (РНИИКП) и НИИ автоматики и приборостроения им. Н. А. Пилюгина (НИИАП). Государственное союзное конструкторское бюро специального машиностроения (ГСКБспецмаш, в настоящее время —КБ общего машиностроения им. В. П. Бармина), созданное на основе Специального КБ при заводе "Компрессор" Министерства машиностроения и приборостроения, стало головным КБ по разработке пусковых установок, заправочного и наземного оборудования.
Головным конструкторским бюро, ответственным за создание жидкостных ракетных двигателей стало ОКБ-456 Министерства авиационной промышленности (в настоящее время—НПО энергетического машиностроения им. В. П. Глушко). В ведении Министерства авиационной промышленности с 1944 г. также находился бывший Реактивный научно-исследовательский институт, переименованный в НИИ-1 (Ныне РНИИ/НИИ-1 МАП известен как Исследовательский центр им. М. В. Келдыша). Этот институт также продолжал работы в области реактивного движения.
Создание гироскопических приборов для ракет было поручено НИИ-10 Министерства судостроительной промышленности. Разработка электрооборудования для баллистических ракет поручалась НИИ-627 Министерства электротехнической промышленности (ныне —Всероссийский НИИ электромеханики). Для разработки химикатов и топлив для ракетных двигателей в Министерстве химической промышленности был создан Государственный институт прикладной химии (ГИПХ).
Созданные в 1946 г. научно-исследовательские институты и конструкторские бюро стали исходной базой ракетно-космической промышленности СССР. Вокруг этих институтов разворачивалась сеть организаций-субподрядчиков, а на их основе создавались новые головные организации по вновь появлявшимся направлениям ракетно-космической техники. За годы своего существования ракетная промышленность превратилась в отрасль, в состав которой входили сотни предприятий и в которой было занято более миллиона человек.
Координация всех работ по ракетной технике сначала осуществлялась созданным в 1946 г. Комитетом по реактивной технике при Совете Министров СССР. Комитет, впоследствии переименованный в Специальный комитет № 2, был официально подведомствен Совету Министров, но на практике был напрямую подотчетен Политбюро ЦК КПСС, член которого Г. М. Маленков был назначен председателем комитета.
В конце 40-х —начале 50-х годов Министерство вооружения было реорганизовано в Министерство оборонной промышленности (МОП или Миноборон-пром), а затем в середине 50-х —в Государственный комитет по оборонной технике (ГКОТ). В 1965 г. на базе комитета были созданы Министерство общего машиностроения (МОМ или Минобщемаш), на которое была возложена ответственность за разработку и производство стратегических ракетных комплексов, и Министерство оборонной промышленности, ответственное за тактические и оперативно-тактические ракеты. В дальнейшем разделение сфер деятельности министерств утратило свой первоначальный вид и предприятия Миноборонпрома стали разрабатывать и стратегические ракетные комплексы.
В подчинении Министерства общего машиностроения находились головные предприятия по разработке и серийному производству ракет, ракетных двигателей, систем управления, гироскопических приборов, а также предприятия-разработчики стартовых комплексов и основных средств наземного обслуживания ракетной техники. В ходе создания ракетных комплексов предприятия Минобще-маша работали в тесном контакте со смежными министерствами, ответственными за разработку отдельных компонентов и систем.
Создание ядерных боезарядов находилось в ведении Министерства среднего машиностроения (тогда как головные части создавались самими предприятиями-разработчиками ракет). Министерства радиопромышленности и электронной промышленности отвечали за разработку и создание радиоэлектронной аппаратуры. Предприятия по разработке и производству гироскопических приборов для систем управления ракет были переданы из Минсудпрома Министерству общего машиностроения.
С распадом СССР в конце 1991 г. все отраслевые союзные министерства были расформированы.88 Предприятия оборонной промышленности перешли под юрисдикцию республик, на территории которых они находились. Предприятия, находившиеся, на территории России, первоначально были переданы в ведение специально созданного Министерства промышленности Российской Федерации, в котором были созданы департаменты по профилю всех упраздненных союзных министерств (общего машиностроения, авиационной промышленности и т.п.). Впоследствии для управления оборонными предприятиями был создан Комитет по оборонным отраслям промышленности, позже переименованный в Госкомоборонпром (с мая 1996 г. — Министерство оборонной промышленности). В 1994 г. свыше тридцати предприятий бывшего Министерства общего машиностроения были выведены из подчинения Госкомоборонпрома и переданы в ведение Российского космического агентства.89 В апреле 1997 г. Министерство оборонной промышленности было расформировано.