К концу 1959 г. в составе Вооруженных сил СССР находилось одно соединение межконтинентальных баллистических ракет (формирование которого началось еще в 1957 г.), несколько инженерных бригад и более 20 инженерных полков, вооруженных ракетами средней дальности. При этом 18 инженерных полков РВГК входили в состав Дальней авиации ВВС. Остальные части подчинялись заместителю министра обороны по специальному вооружению и реактивной технике. Такая децентрализация затрудняла применение и дальнейшее развитие ракетного вооружения.
В связи с этим 17 декабря 1959 г., практически одновременно с постановкой на боевое дежурство первых межконтинентальных ракет Р-7, постановлением Совета Министров СССР был учрежден новый вид Вооруженных сил —Ракетные войска стратегического назначения (РВСН). Повышение статуса Ракетных войск отражало качественное изменение их возможностей и признание (правда, несколько преждевременное) их способности в ходе военных действий самостоятельно решать стратегические задачи.
В соответствии с приказом министра обороны от 31 декабря 1959 г., изданным во исполнение правительственного постановления, в состав РВСН были включены 4 инженерные бригады, три управления авиационных дивизий и 18 инженерных полков из состава Дальней авиации ВВС, а также военно-учебные заведения, научно-исследовательские институты, полигоны, базы и склады вооружения. Приказ министра обороны предусматривал создание органов управления РВСН —Главного штаба Ракетных войск, Главного управления ракетного вооружения (ГУРВО), управления боевой подготовки и военно-учебных заведений, аппарата тыла.
Кроме боевых частей в состав РВСН были переданы 6 ракетных арсеналов, два ракетных полигона —Государственный центральный полигон № 4 в Капусти-ном Яре и Научно-исследовательский испытательный полигон N° 5 (НИИП-5, Байконур), Научно-исследовательский институт N° 4 (НИИ-4), Артиллерийская инженерная академия им. Ф. Э. Дзержинского, артиллерийские инженерные училища. В 1960-1962 гг. в состав РВСН были дополнительно включены Ленинградская военно-воздушная инженерная академия и ряд инженерных училищ.
В 1960 г. для управления дислоцированными в западной части страны соединениями и частями, вооруженными ракетами средней дальности, в составе РВСН на базе бывших армий Дальней авиации ВВС были созданы управления 43-й и 50-й ракетных армий в Виннице и Смоленске. На базе 6 инженерных бригад РВГК, 2 авиационных дивизий и 1 артиллерийской дивизии прорыва были созданы управления 9 ракетных дивизий. Еще одна дивизия была создана на Дальнем Востоке, на базе 96-й авиационной дивизии.
Для управления остальными соединениями ракет средней дальности и вновь создаваемыми бригадами, оснащенными межконтинентальными ракетами, были созданы управления учебных артиллерийских полигонов. Наращивание группировки МБР велось очень высокими темпами —в 1960 г. одновременно происходило формирование 11 ракетных бригад межконтинентальных ракет (при этом сами эти ракеты еще даже не вышли на летные испытания). По мере развертывания этих бригад управления учебных артиллерийских полигонов были к 10 марта 1961 г. реорганизованы в управления пяти высших оперативных ракетных соединений — ракетных корпусов. Ракетные корпуса были впоследствии дислоцированы в Кирове, Владимире, Омске, Чите и Хабаровске. Бригады, в составе которых находились межконтинентальные ракеты, были переформированы в ракетные дивизии, а ранее созданные инженерные полки и инженерные бригады РВГК в течение 1960-1961 гг. были преобразованы в ракетные полки и дивизии ракет средней дальности.57 К 30 мая 1961 г. были созданы управления 24 ракетных дивизий на базе управлений 22 ракетных бригад и 2 истребительных авиационных дивизий. (Одна из этих дивизий, дислоцированная в г. Шадринске, была в 1962 г. расформирована.)
В 1964 г. были созданы еще 3 управления ракетных бригад, дислоцированных в городах Шадринск, Тюмень и Итатка. (Ракетная бригада в Шадринске была видимо создана на основе управления дивизии, созданного в 1961 г. и расформированного в 1962 г.)
Дальнейшая эволюция организационной структуры РВСН отражала смену поколений ракетных комплексов и принципов их боевого применения. Процесс становления частей и соединений, оснащенных комплексами с групповыми пусковыми установками (комплексы Р-12/Р-12У, Р-14/Р-14У, Р-16/Р-16У и Р-9А), завершился к 1966 г. Тем временем началось оснащение РВСН новыми комплексами с пусковыми установками типа "одиночный старт" (Р-36, УР-100). В связи с развертыванием этих комплексов в 1965 г. были сформированы еще два отдельных ракетных корпуса в Оренбурге и Джамбуле. В том же году на базе оперативных групп соединений в пос. Домбаровский, Жангизтобе, гг. Державинск, Карталы и Ужур были созданы управления еще пяти ракетных дивизий (которые впоследствии были оснащены тяжелыми МБР Р-36), а в г. Сарыозек — управление ракетной бригады. В 1968 и 1969 гг. были созданы управления ракетных бригад в гг. Сарыозек и Ленинск (Байконур). (Последняя, вероятно, предназначалась для эксплуатации ракет Р-36 с орбитальными головными частями.) В 1970 г. "в целях улучшения руководства войсками и повышения надежности боевого управления" на базе отдельных ракетных корпусов, дислоцированных во Владимире, Оренбурге, Омске и Чите были созданы еще четыре ракетные армии (остальные корпуса, дислоцировавшиеся в Кирове, Хабаровске и Джамбуле, были расформированы). Количество ракетных армий таким образом увеличилось с двух до шести.
Заключенный в 1972 г. Договор ОСВ-1, запретивший создание шахтных пусковых установок в дополнение к уже имеющимся, фактически "заморозил" организационную структуру частей и соединений РВСН, оснащенных МБР. Исключением было расформирование частей вооруженных ликвидированными ракетами Р-16 и Р-9А или их переформирование в части вновь развертываемых ПГРК "Пионер".
Так, в 1970 г. была расформирована ракетная бригада в г. Каттакурган, а ракетная дивизия в Уссурийске выведена из состава РВСН и передана в Дальневосточный военный округ. В 1972 г. расформирована ракетная бригада в Итатке, в 1976 г. —в Тюмени, в 1979 г. —в Шадринске. В 1980 г. была расформирована ракетная бригада в г. Сарыозек.
После заключения в 1987 г. Договора о ликвидации ракет средней и меньшей дальности, в 1988-1991 гг. в составе РВСН был ликвидирован род войск ракет средней дальности, на вооружении которого находились сокращаемые в соответствии с этим договором ракетные комплексы Р-12, Р-14 и "Пионер". Были расформированы 58 ракетных полков, в том числе 45 полков, имевших на вооружении ПГРК "Пионер", и 13 полков, вооруженных ракетами Р-12. Некоторые из этих частей могли быть преобразованы в соединения, оснащенные межконтинентальными ракетами — после ликвидации комплексов средней дальности "Пионер" некоторые ракетные базы, использовавшиеся для их размещения, были впоследствии использованы для размещения новых мобильных грунтовых комплексов "Тополь".
В 1990 г. были расформированы 5 ракетных дивизий в гг. Гвардейск, Пружа-ны, Коломыя, Остров и Кармелава (созданные в 1960 и 1961 гг.) и 50-я ракетная армия в Смоленске. В 1991 г. дополнительно расформирована ракетная дивизия в г. Белокоровичи, а в 1992 г.— дивизии в гг. Луцк и Ромны.
В ноябре 1991 г. был издан указ Президента СССР, который предусматривал создание Стратегических сил сдерживания (ССС) на основе РВСН, Войск ПВО страны и Управления начальника космических средств. Этот указ не был реализован в связи с последовавшим вскоре распадом Советского Союза. В течение некоторого времени в 1992 г. РВСН считались частью объединенных вооруженных сил новообразованного Содружества Независимых Государств, однако после образования в марте 1992 г. Министерства обороны Российской Федерации РВСН были переведены под юрисдикцию России (за исключением частей, дислоцированных на территории Украины).