Помимо трех институтов (ВНИИЭФ, ВНИИТФ и ВНИИА), непосредственно участвующих в разработке ЯЗУ и ЯБП и отдельных их узлов и компонентов, в состав Пятого главного управления Минатома входят еще три научно-конструкторские организации.
Научно-исследовательский институт измерительных систем (НИИ ИС), расположенный в Нижнем Новгороде, разрабатывает приборы для проверки и обеспечения функционирования ядерных боеприпасов в процессе их эксплуатации. В свое время этот институт выделился из состава КБ-11.
Конструкторское бюро автотранспортного оборудования (КБ АТО) занимается проектированием средств транспортировки ядерных боеприпасов. К их числу относятся специальные автомобили и транспортные контейнеры для перевозки ядерных боеприпасов.
Всероссийский научно-исследовательский институт импульсной техники (НИИ ИТ) занимается разработкой приборных комплексов, используемых для диагностики быстропротекающих процессов при проведении ядерных испытаний. НИИ импульсной техники отделился от КБ-11 на рубеже 50-х и 60-х годов. С момента его создания и до 1988 г. бессменным руководителем института был А. И. Веретенников. С 1988 г. и до момента назначения в 1992 г. на должность министра по атомной энергии, посты директора и научного руководителя НИИ ИТ занимал В. Н. Михайлов.