Целью авианосца "Джон Стэннис" и его воздушной эскадрильи является осуществление продолжительных военно-воздушных операций. На авианосце базируется восемь или девять авиационных эскадрилий, в состав которых входят самолеты F/A-18 "Хорнет", F-14 "Томкэт", EA-6B "Праулер", S-3 "Викинг", E-2C "Хокай" и вертолеты SH-60 "Си Хок".
Воздушные эскадрильи авианосца осуществляют задачи по уничтожению самолетов, кораблей и подводных лодок противника, поражению наземных целей, а также установке минных заграждений. Авианосец "Джон Стэннис" может использоваться для нанесения ударов, поддержки наземных операций, обороны эскадр или других дружественных морских сил и для создания морской или воздушной блокады. Воздушная эскадрилья олицетворяет могущество американских вооруженных сил и способна разрешить кризисные ситуации. Обычно авианосец действует в составе ударной эскадры из пяти - семи кораблей и является флагманом.
Авианосец "Джон Стэннис" оснащен двумя ядерными реакторами, которые значительно увеличивают дальность плавания , срок службы авианосца и его максимальную скорость, превышающую 30 узлов. Четыре катапульты и столько же тормозных механизмов позволяют осуществлять быстрый одновременный запуск и торможение самолетов.
В качестве защиты, в дополнение к воздушной эскадрильи и сопровождающим кораблям, авианосец "Джон Стэннис" будет оснащен натовскими ракетными системами "Си Спарроу" малой дальности класса "поверхность-воздух". Кроме того, на корабле установлены скорострельные 20мм-пушки "Фаланкс" и система радиоэлектронного противодействия SLQ-32.
