В 1960г. поднялся в воздух перехватчик ЯК-28П. Он предназначался для перехвата воздушных целей на малых и средних высотах в большом диапазоне скоростей днем и ночью при любой погоде. На самолете была установлена новая система вооружения, состоящая из двух управляемых ракет Р-30 (К-8М) и радиолокационной станции "Орел-Д". Одна из ракет оснащалась ИК ГСН, другая РЛ ГСН. Эта система позволяла не только обнаруживать цель, но и производить пуск ракет на значительно большем расстоянии до нее. Кроме того, ЯК-28 обладал очень важным для перехватчика качеством - малой длиной разбега. На самолете была предусмотрена подвеска пороховых стартовых ускорителей, сбрасываемых после взлета.
Для сокращения пробега при посадке из подфюзеляжного хвостового гребня выпускалась штанга с датчиком касания земли, после чего сразу же срабатывала система тормозных парашютов. Высокие взлетно-посадочные характеристики машины позволяли строить аэродромы с укороченной полосой в труднодоступных районах Крайнего Севера. ЯК-28П был самой массовой модификацией самолета (больше 400 штук). Однако он официально на вооружение принят не был. В процессе серийного производства перехватчик модернизировали.
Новая модификация самолета ЯК-2ПМ имела улучшенную бортовую РЛС и четыре ракеты (две средней дальности и две малой). В 19б1г. самолет ЯК-28П демонстрировался на авиационном празднике в Тушино. В июле 19б7г. ЯК-28ПМ был представлен на авиационной выставке в Домодедово. ЯК-28 находился в эксплуатации больше двадцати лет, и состоял на вооружении только в СССР.